Высокие хребты Центральной Азии, опоясывающие Монголию со всех сторон, изолируют ее от воздушных потоков со стороны как Атлантического, так и Тихого океанов, что создает на ее территории резко-континентальный климат.
На Хубсугуле зимой сухая морозная зима, с преобладанием солнечных дней. Осадков выпадает очень мало, а температурные колебания за сутки могут достигать 20град. Самый холодный месяц — январь.
В марте месяце солнце уже начинает припекать, днем температура воздуха уже не опускается ниже 10 градусов – это начало туристического сезона на Хубсугуле.
Туристическая активность не снижается до первой декады мая. В этот период очень популярна среди иркутян подледная рыбалка на ленка, хариуса, налима, а в начале мая — восхождение на Мунку-Сардык.
Самый жаркий месяц на Хубсугуле – июль. Средняя суточная температура воздуха в этот период +20град. Но ночью и вечерами прохладно, так же, как на Байкале.
Вода в озере даже летом не прогревается выше +14град. Комфортное купание исключено, только прием солнечных ванн.